Les métabauxites de Naxos forment de nombreuses et petites lentilles dans les marbres de Naxos. Elles semblent résulter du remplissage (par de la bauxite) de karst dans des calcaires mésozoïques (aujourd’hui métamorphisés en marbres).
L’ensemble ’marbres - métabauxites’ a enregistré au moins deux épisodes métamorphiques. Le premier épisode est d’age Éocène, c’est un métamorphisme de haute pression et basse température (faciès des schistes bleus) dans un contexte de subduction. Le second épisode est d’age Miocène, c’est un métamorphisme de haute température et moyenne pression (faciès amphibolitique) dans un contexte d’extension conduisant à un amincissement crustal et à une remontée de la croûte inférieure.